Po zakończeniu II wojny światowej organizacją nauczania religii w diecezji warmińskiej zajęła się kuria biskupia w Olsztynie, powołana do życia przez administratora apostolskiego ks. Teodora Benscha we wrześniu 1945 roku. Kuria początkowo mieściła się w pomieszczeniu jednopokojowym, w budynku zamieszkałym przez ks. Benscha, na wikariacie parafii św. Jakuba, przy ulicy Staszica w Olsztynie. Z początkiem 1946 roku diecezja otrzymała od władz miejskich w użytkowanie budynek „Domu Starców” przy ul. Mariańskiej 3 w Olsztynie. Po przeprowadzeniu remontu w 1946 roku, pierwsze i drugie piętro przeznaczono na niższe seminarium duchowne, zaś w pomieszczeniach na parterze urządzono kurię i mieszkania dla jej pracowników.
Administrator apostolski ks. T. Bensch 8 września 1947 roku mianował kanclerza kurii, ks. Stanisława Kobyłeckiego, odpowiedzialnym za nauczanie religii na terenie diecezji warmińskiej. Stanowisko, które objął ks. Kobyłecki nazwane zostało „referent ds. szkolnych przy kurii biskupiej i generalny wizytator nauki religii” . Po pięciu miesiącach, ze względu na liczne obowiązki wynikające z pełnienia funkcji kanclerza, ks. Kobyłecki przestał pełnić zadania odpowiedzialnego za katechizację. Na jego miejsce 18 lutego 1948 administrator apostolski mianował ks. Stefana Zajkowskiego.
Przed 1951 rokiem utworzono Wydział Nauczania Kurii Biskupiej w Olsztynie. Trudno dziś ustalić, kiedy dokładnie powołano do istnienia Wydział Nauczania Kurii Biskupiej w Olsztynie. Nazwa wydziału po raz pierwszy pojawia się w 1959 r.. Wcześniej posługiwano się określeniem Referat Nauczania Kurii Biskupiej w Olsztynie.
W listopadzie 1950 roku przeniesiono wydziały kurii biskupiej z gmachu przy ul. Mariańskiej z powrotem na wikariat parafii św. Jakuba, do budynku położonego przy ul. Staszica 5 w Olsztynie. W tym samym roku, na miejsce ks. S. Zajkowskiego, który został proboszczem w Pasłęku, ponownie odpowiedzialnym za nauczanie religii został ks. Stanisław Kobyłecki. Stanowisko, które objął ponownie ks. Kobyłecki, nazwane zostało „referent nauczania religii”. W 1952 roku władze PRL wydaliły ks. Kobyłeckiego z Olsztyna. Piastowany przez niego urząd objął ks. Antoni Sikorski. Po tak zwanym polskim październiku biskup olsztyński Tomasz Wilczyński zwolnił ks. Sikorskiego w 1957 roku z pracy w kurii, a powodem odwołania była powszechnie znana prorządowość kapłana, potwierdzona przyjęciem od władz komunistycznych odznaczenia Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski. Ks. Sikorski po zwolnieniu z pracy w kurii biskupiej w Olsztynie opuścił diecezję warmińską i wyjechał na Dolny Śląsk. Odpowiedzialnym za katechizację na terenie diecezji został ks. Tadeusz Borkowski, urząd objął 26 czerwca 1957 r.. We „Wskazaniach duszpasterskich”, które ks. Borkowski kierował do księży, czytamy: obejmować największym nawet wysiłkiem pracy wszystkie szkoły, nie opuszczać lekcji religii i nie skracać ich, nie łączyć poza koniecznością klas, nie robić z nauczania w szkole fikcji.
Dekretem bp. J. Drzazgi 7 września 1968 roku zmieniono nazwę Wydziału Nauczania Kurii Biskupiej w Olsztynie na Wydział Nauki Chrześcijańskiej Kurii Biskupiej w Olsztynie. Od tej pory odpowiedzialnym za nauczanie religii w diecezji został bp Jan Obłąk. Został on 13 kwietnia 1982 roku mianowany warmińskim biskupem diecezjalnym. Z uwagi na wielość obowiązków biskupa, 24 października 1983 roku funkcję dyrektora wydziału powierzono ks. Stanisławowi Magolewskiemu. W tym samym roku zmieniono nazwę Wydziału Nauki Chrześcijańskiej Kurii Biskupiej w Olsztynie na Wydział Nauki Katolickiej Kurii Biskupiej w Olsztynie.
Na mocy Kodeksu Prawa Kanonicznego 28 maja 1987 roku ustanowiono w diecezji warmińskiej funkcję wikariusza biskupiego ds. dydaktycznych i personalnych nauczania religii. Od tej pory odpowiedzialnym za katechizację był wikariusz biskupi, którego kadencja trwała pięć lat. W związku z wprowadzeniem nowego urzędu zmniejszyły się kompetencje dyrektora Wydziału Nauki Katolickiej, który od tego momentu stał się odpowiedzialnym jedynie za organizację pracy w Wydziale. Pierwszym wikariuszem biskupim 28 maja 1987 roku został ks. Edward Michoń, który po czterech latach pełnienia urzędu odszedł na własną prośbę. 21 stycznia 1991 roku wikariuszem biskupim został ówczesny dyrektor Wydziału ks. Stanisław Magolewski. Nominację na wikariusza biskupiego otrzymał 19 września 1991 roku ks. Kazimierz Torla, jednak nie podjął się wykonywania tej funkcji. 4 września 1993 roku ks. Magolewski na własną prośbę odszedł ze stanowiska dyrektora, tego samego dnia dyrektorem Wydziału Nauki Katolickiej został ks. Michał Tunkiewicz. Po nim 7 października 1993 roku nominację na wikariusza biskupiego otrzymał ks. Wiesław Więcek, który piastuje ten urząd do dnia dzisiejszego. 1 czerwca 1995 roku dyrektor Wydziału ks. Tunkiewicz otrzymał nominację na generalnego asystenta Akcji Katolickiej archidiecezji warmińskiej. W związku z tym przestał pełnić funkcję dyrektora Wydziału. Na jego miejsce 1 lutego 1995 roku mianowano ks. Rajmunda Jodko, który 31 maja 2000 roku zrezygnował z urzędu, podejmując pracę na Wydziale Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Od tej pory dyrektorem Wydziału był ks. Wiesław Więcek, wikariusz biskupi ds. dydaktycznych i personalnych nauczania religii. W 2001 roku przeniesiono kurię z dawnego wikariatu parafii św. Jakuba przy ul. Staszica do gmachu zajmowanego ongiś przez duszpasterstwo rzemieślników, a ostatnio Caritas, położonego przy ul. Pieniężnego 22 w Olsztynie. W 31 czerwca 2014 dotychczasowy dyrektor ks. W. Więcek odszedł na emeryturę. W latach 2014-2016 obowiązki dyrektora pełnił wicedyr. ks. Adam Bielinowicz.
Na stanowisku referenta wydziału pracowali: Janina Krajdocha, Anna Heneczkowska, Stefania Łagodzińska, ks. Tadeusz Borkowski (1957–1969), ks. Zygfryd Liedmann (1969–1971), ks. Kazimierz Torla (1972–1976), Stefania Mazur (1970–1979), s. Stanisława Napiórkowska RM (1991–2000), s. Barbara Wójcik RM (2000–2004), ks. Piotr Wiśniewski (2000–2005), ks. Leszek Niedźwiedź (2004–2009), ks. Adam Bielinowicz (2005-2007), Dorota Oświecińska (2005-2008).
Abp Józef Górzyński, metropolita warmiński w dniu 18 listopada 2016 mianował dyrektora Wydziału Nauki Katolickiej, którym został ks. dr hab. Adam Bielinowicz, sekretariat prowadzi mgr inż. Edyta Bucholc. Wizytatorów nauczania religii co roku mianuje Metropolita Warmiński.